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脂质组学研究中的样品处理

发布日期:2018-09-21  来源:   点击量:

前言

脂质是一类自然界存在的疏水或****、难溶于水而易溶于非极性溶剂的有机物小分子,存在于大多数生物体系中。脂质是细胞膜的骨架物质和第二能量来源,还参与细胞的许多重要功能,人类许多重大疾病都与脂质代谢紊乱有关,如糖尿病、肥胖病、癌症、阿兹海默症、以及一些传染病等,

作为代谢组学的重要分支之一,脂质组学(Lipidomics)的研究对象是生物体的所有脂质分子,并以此为依据推测其它与脂质作用的生物分子的变化,进而揭示脂质在各种生命活动中的重要作用机制。脂质组学是总体研究和这些疾病有关的脂质化合物,找到昭示这些疾病的生物标记物。

2005年国际上把组织、细胞中的脂质分子分为8大类(J Lipid Res 2009,50(Supp);9-14),有明确结构的脂质化合物已经有38000个(BMC Bioinformatics 2014, 15(Suppl 7):S9),这8类脂质分子见表1。

表 1 8大类脂质分子

类别

缩写

数据库中的结构数量

脂肪酰类(Fatty acyls)

FA

2678

甘油脂类(glycerolipids )

GL

3009

甘油磷酸脂类(glycerophospholipids)

GP

1970

鞘脂类(sphingolipids )

SP

620

固醇脂类(sterol lipids )

ST

1744

异戊烯醇脂类(prenol lipids ()

PR

610

糖脂类(saccharolipids )

SL

11

多聚乙烯类(polyketides )

PK

132

在过去,由于技术限制人们难以分析数量巨大的脂质分析,因为多种脂质代谢产物的物理性质需要大批纯化系统、分离的复杂技术操作。2003年韩贤林等继基因组学、蛋白质组学等之后提出脂质组学(lipidomics)(Han X et a1.J Lipid Res,2003,44:1071),脂质组学的发展推动了新分析平台的研发,特别是在质谱法领域,该方法已使这些操作合理化,并且已允许更多的脂质分子得到非常详细的分析。

脂质存在于细胞、细胞器和细胞外的体液如血浆、胆汁、乳、肠液、尿液中。若要研究某一特定部位的脂质,首先要将这部分组织或细胞分离出来。由于脂质不溶于水,通常采用有机溶剂进行萃取。传统的萃取剂是**仿、甲醇和水的混合液。所需的样品在这种混合液中提取所有脂质,向提取液中加入过量的水使之分成2个相,上面是甲醇和水,下面是**仿。脂质就留在**仿相,蒸发浓缩后,使之干燥就得到所需的脂质。这种脂质提取方法,能够提出组织样品中的总脂。这种方法降低了脂质的损失率,操作简便,而且提取效果较好。对于只检测总脂中的部分脂质,固相萃取(SPE)是一种较好的方法,利用固体吸附剂将液体样品中的目标化合物吸附,与样品的基体和干扰物分离,然后再用洗脱液洗脱或加热解吸附,达到分离和富集目标化合物的目的。固相萃取技术设备要求低,操作简单,能快速分离组分复杂及含量低的样品。当然由于化学分析样品前处理技术的发展,有许多其他可用的样品前处理方法。

总体上对脂质组学的研究Chin Chye Teo等归纳为如下的工作流程,第一步就是对样品的处理。

1脂质组学研究的工作流程

根据Chin Chye Teo的综述报告(Chin Chye Teo et al,TrAC,2015,65:1-18),脂质组学研究的工作流程如下表1.

表1 脂质组学研究的工作流程

从患者得到脂质组学研究的样品

液体

固体

体液,泪水,血清,血浆,尿液

(低温保存样品)

细胞,组织,器官

对上述样品进行萃取方法

对极性化合物,单独的有机化合物进行:

液-液萃取,固相萃取

对能源性物质进行:加压液相萃取,微波辅助萃取,超声辅助萃取

萃取得到的脂质化合物

使用色谱方法分离:气相色谱,液相色谱,电泳

不使用色谱方法分离:直接进样,成像

上述分离或未分离样品进行质谱分析

质谱分析的接口

质量分析器

电子轰击电离(EI),电喷雾电离(ESI),化学电离(CI),大气压(APCI)化学与电离,基质辅助激光解析电离(MALDI)

四级杆飞行时间质谱(qTOF),三重四级杆质谱( qqq),轨道阱质谱(Orbitrap)

质谱原始数据语预处理

(利用商品或自制软件)

分类和脂质鉴定(使用各种资源如LIPID maps,Lipid Bank,Lipid Blast)

判定在疾病中的机制/在疾病演化中的作用

为进一步诊断找出生物标记物(预防),提供药物治疗的指导

2脂质组学的样品制备

本文只讲脂质组学的样品制备,Chin Chye Teo等总结了近年在脂质组学研究中使用的样品处理方法,见表2.

表2 脂质组学研究中的样品处理方法比较(Chin Chye Teo et al,TrAC,2015,65:1-18)

萃取方法

临床样品类型

(生物液体或固体)

优点

缺点

原文文献编号

单一有机溶剂萃取(SOSE)

血清(生物液体)

皮肤(固体)

容易完成

萃取时间短

成本低

低温适于热敏感化合物

无需外部能量

使用有毒有机溶剂

分析时难以摆脱使用有机溶剂

1.2

3

液-液萃取(LLE)

眼泪(生物液体)

血清(生物液体)

血浆(生物液体)

尿液(生物液体)

滑液(生物液体)

动脉粥样硬化血小板(生物液体)

皮肤(固体)

组织(固体)

易于建立的方法

容易完成

设备便宜

萃取时间短

使用廉价溶剂(如甲醇,水)

低温适于热敏感化合物

无需外部能量

萃取时间短

使用大量有毒有机溶剂

常使用超过一种类型的溶剂

需要排除溶剂以免影响分析

2

4,9-13

5,14-22

8,23

7

24

25-27

28,29

固相萃取(SPE)

血清(生物液体)

血清(生物液体)

血浆(生物液体)

眼(固体)

皮肤(固体)

容易完成

清除干扰基体

EPE的选择

低温适于热敏感化合物

萃取时间短

SPE萃取小柱比较贵

需要洗掉有机溶剂以免影响分析

使用有毒有机溶剂

分析时难以摆脱使用有机溶剂

1,12

2

30

26

3,27

固相微萃取(SPME)

肺(固体)

头发(固体)

容易完成

可与GC和GC xGC 联用

对挥发性化合物可以进行顶空气相色谱

有毒溶剂消耗量少

低温适于热敏感化合物

无需外部能量

萃取时间短

萃取头比较贵

需要洗掉有机溶剂以免影响分析

分析时难以摆脱使用有机溶剂

31

32

超临界流体萃取(SFE)

血浆(生物液体)

容易完成

萃取时间短

对非极性化合物萃取效率高

CO2可循环使用

温度压力可控

可加改性剂提高萃取液极性和效率

要精心操作

设备昂贵

33

微波辅助萃取(MAE)

血浆(生物液体)

皮肤(固体)

容易完成

萃取时间短

萃取效率高

萃取溶剂消耗量少

温度压力可控

需要冷却防止溶剂逃逸

购买设备费用高

34

35

超声辅助萃取(UAE)

血(生物液体)

容易完成

萃取时间短

萃取溶剂消耗量少

温度压力可控

听力会受损

要使用有毒有机溶剂

会吸入有害溶剂

需要外部能源

购买设备费用高

提高温度会使化合物降解

36,37

3脂质组学的溶剂萃取

液-液萃取是脂质组学研究中使用最为普遍的方法,这一方法是使用两种互不混溶的有机溶剂——使用最多的是**仿、甲醇和水——为了对关键脂质类得到最大的萃取效率,从磷脂类和糖脂类到脂肪酸,三酰基甘油类(TAGs)、二酰基甘油类(DAGs)。最初使用的是Folch 脂质萃取法(**仿/甲醇/水为 8:4:3 v/v/v),之后有Bligh 和 Dyer脂质萃取法(**仿/甲醇/水为 1:2:0.8 v/v/v)。

(1)Folch 脂质萃取法(Folch et al., J Biol Chem 1957, 226: 497)

把样品组织用2:1**仿/甲醇均一化,最后的溶剂体积是组织的20倍(20mL 溶剂里有1g样品),分散均匀后于室温下把混合物在轨道振荡器上震动15-20min。均匀混合物经漏斗中折叠滤纸过滤,或进行离心处理,回收液相。

液相溶剂用0.2体积的水(20 mL液相使用4 mL水),最好使用0.9%的NaCl溶液洗涤,涡旋几秒后在低速离心机(2000 rpm)上离心混合物,用虹吸方法弃去上层液相,用以分析神经节糖苷或小分子有机极性化合物,如需要(需移去标记分子),用1:1甲醇/水洗涤交界处的有机相两次,无需混合全部制备物。

经离心分离后虹吸掉上面的液相,下面含有脂质的**仿在旋转蒸发器中真空蒸发,或用氮气吹拂到2-3 mL体积。

(2)Bligh 和 Dyer脂质萃取法(Can J Biochem Physiol 37:911-917)

a. 每1 mL 样品加入3.75mL 1:2(v/v) CHCl3:CH3OH 很好涡旋,如果要进行GC 分析,溶剂中要含有内标(如0.5μg谷甾醇)

b. 然后加入1.5mL CHCl3很好涡旋

c. 最后加入1.25mL蒸馏水很好涡旋

d. 在1000rpm离心机中室温下离心5min,得到一个两相分离(上层为水相,下层为有机相)的液体

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